С началом либеральных реформ в стране цены на нефть и нефтепродукты были отпущены, уповая на то, что рынок все отрегулирует. В результате нефтяники республики столкнулись с огромными финансовыми проблемами, так как «живые» деньги давал только экспорт. Были нарушены ранее наработанные связи с поставщиками и потребителями. Основными потребителями башкирской нефти стали местные НПЗ, с которыми были налажены хорошие бартерные, экспортно-импортные операции в реализации которых принял активное участие Муртаза Губайдуллович, будучи председателем Верховного Совета РБ и президентом. По его инициативе были проведены разгосударствление и приватизация предприятий нефтяной промышленности республики. Так, объединение «Башнефтехимзаводы» было преобразовано в ПО открытого типа «Башкирская нефтехимическая компания» и в январе 1995 года «Башнефть» — в акционерную нефтяную компанию. Муртаза Губайдуллович был инициатором многих других предложений по повышению эффективности нефтяного произовдства. Так предприятия отрасли стали самостоятельными участниками внешнеэкономической деятельности, получили возможность без посредников поставлять нефть и нефтепродукты в дальнее зарубежье и страны СНГ.
Он был инициатором строительства и реконструкции многих установок и новых производств в нефтехимическом комплексе РБ. Муртаза Губайдуллович был тверд и решителен в своих действиях. Пользовался большим авторитетом среди нефтяников, олицетворял целую эпоху нефтяной истории Башкортостана.